Въпреки че механичните водомери предлагат много предимства, те имат и някои ограничения:
1. Ограничена точност: Точността на механичните водомери зависи от дебита на водата и прецизността на техните механични компоненти. Когато дебитът на водата е нисък, точността на механичните водомери намалява.
2. Необходимо е ръчно отчитане: Механичните водомери изискват ръчно отчитане, което отнема време и усилия.
3. Без автоматизирано управление: Тъй като механичните водомери не могат да отчитат автоматично, автоматизираното управление не е възможно. Показанията на измервателния уред трябва да се записват ръчно за целите на управлението.